Mons. Ján Vojtaššák 1. 7. 1901 v Spišskej Kapitule prijal kňazské vysvätenie. Jeho pôsobiská sa často menili, v roku 1901 pôsobil ako kaplán vo Vyšnej Zubrici, v roku 1902 v Liptovských Kvačanoch, v roku 1903 v Bijacovciach, správcom farnosti v Bijacovciach bol v roku 1904, v roku 1905 pôsobil ako kaplán v Podvlku, Zubrohlave a Ústi nad Oravou, kde krátko pôsobil aj ako správca farnosti. V roku 1906 sa stáva kaplanom v Tvrdošíne a od roku 1908 vo Veličnej, kde až na krátke pôsobenie vo Vyšných Repášoch v roku 1910, pôsobil ako kaplán, farár a správca farnosti až do roku 1919, kedy sa stáva tajomníkom Biskupského úradu. Dňa 16. 12. 1920 bol menovaný za Spišského diecézneho biskupa, 13. 2. 1921 bol vysvätený na biskupa.Dňa 27. 2. 1921 bol intronizovaný, v roku 1945 mimo pastorácie a od roku 1950 - až do smrti - mimo pastorácie.

Mons. Ján Vojtaššák zomrel 4. 8. 1965 v Říčanoch, pochovaný bol 7. 8. 1965 v Zakamennom.

Mons. Ján Vojtaššák bol nepohodlným pre štátnu moc. Prvýkrát bol zaistený dňa 5. 5. 1945 a internovaný v biskupskom letnom sídle v Spišskom Štiavniku. Odtiaľ bol odvezený do vyšetrovacej väzby v Štátnej väznici v Bratislave. S podlomeným zdravím ho previezli najprv na liečenie do Štátnej nemocnice v Bratislave a potom do piešťanských kúpeľov. Na Spiš sa vrátil až >30. 11. 1945.
Po vzniku Katolíckej akcie 10. 6. 1949 bol otec biskup jedným z jej najaktívnejších odporcov z radov biskupov v Československu. Už 30. 8. 1949 vydal „Poučenie o rozkolníckej Katolíckej akcii”, ďalej hneď v septembri inštrukcie pre kňazov: O Exkomunikačnom dekréte pre rozkolnú Katolícku akciu, Exkomunikačný dekrét o komunizme, Kázanie o cirkevných trestoch, Súpis cirkevného majetku, Kongruový zákon, Laickí učitelia, Náboženstvo a starostlivosť o vyučovanie náboženstva a Sľub vernosti. Tieto inštrukcie svedčia o starostlivosti biskupa o svojich kňazov a veriacich, ktorých takto intenzívne viedol po správnej ceste a zároveň pripravoval na ďalšie udalosti. Tie prišli už onedlho.

Dňa 23. 6. 1949 bol na biskupský úrad spolu s pomocníkom dosadený zmocnenec Povereníctva školstva. Kontroloval všetku prichádzajúcu i podanú poštu biskupskej kancelárie, ako aj celkové dianie a návštevy biskupského úradu. Dňa 3. 6. 1950 bol otec biskup Vojtaššák, spolu s pomocným biskupom Štefanom Barnášom a archivárom Biskupského úradu Jozefom Vrbovským opäť internovaný, tentoraz v biskupskej rezidencii pod dozorom dosadeného vrátnika a príslušníkov Štátnej bezpečnosti. V noci 15. 9. 1950 bol podvodom vylákaný na údajnú schôdzku kňazov v Trenčíne. Bol však zatknutý a odvlečený do vyšetrovacej väzby v Ruzyni v Prahe. Medzi „presvedčovacie” metódy tamojších vyšetrovateľov boli bežne zaraďované výsluchy na smeny, bitka, ponižovanie, psychický teror, trýznenie zimou, hladom a svetlom počas dlhých nocí, celodenné pochody v stiesnených celách, učenie sa hanebných zápisníc spamäti 1). Toto mučenie trvalo takmer do Vianoc 1950. Vtedy už bolo nazhromaždených dostatok „dôkazov”. 4. 1. 1951 bol českými príslušníkmi prevezený do Bratislavy, kde čakal na súd.

Proces „Vojtaššák a spol.” sa konal od 10. do 13. 1. Po troch dňoch vopred naspamäť naučených otázok a odpovedí bol otec biskup Vojtaššák spolu s biskupom ThDr. Michalom Buzalkom a biskupom Pavlom Gojdičom Štátnym súdom v Bratislave uznaný vinným zo zločinu úkladov proti republike, zo zločinu vojenskej zrady, zločinu velezrady a zo zločinu vyzvedačstva. Odsúdili ho na trest odňatia slobody v trvaní dvadsaťštyri rokov nepodmienečne, peňažný trest vo výške 500 000.- Kčs, konfiškáciu celého majetku a stratu čestných občianskych práv. Dôvodom bola „pokračujúca činnosť” v spomínaných zločinoch od roku 1938 až do zatknutia v roku 1950.

Dňa 14. 2. bol zo súdnej väzby premiestnený do Nápravno-výchovného zariadenia vo Valdiciach. Bol tam väznený v úplnej izolácii až do 2. 7. 1951 . Mučenie a ponižovanie neustále pokračovalo. Dňa 29. 5. 1952 bol prevezený do Leopoldova, 29. 5. 1955 do Ilavy. Odtiaľ bol 12. 6. 1956 prevezený do Prahy na Pankrác. Tam mu oznámili uznesenie generálnej prokuratúry, ktorým mu bol kvôli chorobe prerušený výkon trestu. Nemohol sa vrátiť na Slovensko, bol umiestnený v Charitnom domove v Děčíne. Návštevy boli obmedzené, korešpondencia kontrolovaná, nemohol slúžiť svätú omšu mimo domova.

Dňa 11. 4. 1959 bol opäť zatknutý a pre údajné organizovanie sprisahania viacerých spišských kňazov (Mons. V. Trstenský, E. Odrobina, J. Michna, Ľ. Jankuľák) opäť uväznený, najprv v poľovníckom zámku v Paběniciach. Od 29. 4. bol vyšetrovaný v lesnej chate na neznámom mieste. Dňa 16. 5. ho previezli do vyšetrovacej väzby v Žiline. Tam dostal zápal kŕčovej žily, čo si vyžadovalo chirurgický zásah. Odviezli ho do väzenskej nemocnice v Ilave, kde ho až 5. 1. 1959 operovali. Bol však aj naďalej veľmi chorľavý, preto ho previezli na Pankrác do Prahy. Tam sa podrobil tortúre lekárov, ktorí mu jeho utrpenie vôbec neuľahčili. V septembri 1960 ho opäť previezli do Valdíc. Tam musel po dvoch mesiacoch liečenia nastúpiť desať dní korekcie kvôli tomu, že si porobil poznámky na okraj knihy z väzenskej knižnice v Leopoldove. Na protest proti tomu držal hladovku. Príslušníci ŠtB ho kŕmili násilím, čím sa jeho zlý zdravotný stav ešte zhoršil.

Dňa 5. 10. 1963 bol konečne po štrnástich rokoch rozhodnutím prezidenta republiky o amnestii prepustený na slobodu s podmienkou na sedem rokov. Túžil zvyšok svojho života stráviť doma na Slovensku pri synovcovi v Oravskej Lesnej. Už po troch týždňoch 28. 10., mu však bol Povereníctvom školstva nariadený trvalý pobyt v Domove dôchodcov pre kňazov v Senohraboch pri Prahe. Tam sa venoval - nakoľko mu bolo dovolené - pastorácii a duchovnej podpore kňazov i veriacich doma, na Slovensku. Zostavil memorandum, ktorým chcel upozorniť na nespravodlivosti spáchané štátom voči Cirkvi. Napísal tiež pastiersky list kňazom Spišskej diecézy, ktorým ich vyzýval k opätovnej jednote a viere v Krista. Tieto snahy mu priniesli nové podozrievania zo strany štátnych úradov. Vypracoval taktiež podrobný plán územnej reorganizácie katolíckych diecéz na Slovensku, ktorý zaslal do Ríma.