1994 - 1996 dovŕšil svoje teologické štúdiá na Pápežskom východnom inštitúte v Ríme a obhájil doktorskú prácu na tému Michal Lacko, SJ - formátor a informátor gréckokatolík
1991- 1993 pokračoval v štúdiu na Pápežskom východnom inštitúte v Ríme, ktoré zavŕšil získaním licenciátu zo spirituality
- Rímskokatolícka Cyrilometodská bohoslovecká fakulta UK v Bratislave

Mons. Ján Babjak bol vysvätený za kňaza 11. júna 1978 v Prešove, po absolvovaní štúdia v bratislavskom seminári. Ako kaplán pôsobil v Prešove v rokoch 1978 - 1983, kde vykonával svoju pastoračnú službu.
V rokoch 1991 - 1993 študoval na Pápežskom orientálnom inštitúte v Ríme a získal licenciát zo spirituality. Neskôr sa do Ríma znovu vrátil a pracoval v slovenskom oddelení Vatikánskeho rozhlasu. Pritom pokračoval v štúdiu spirituality a v roku 1996 v Pápežskom orientálnom inštitúte obhájil doktorandskú prácu na tému P. Michal Lacko – učiteľ a formátor gréckokatolíkov.
Od roku 1996 pôsobil ako riaditeľ Centra spirituality Východ - Západ Michala Lacka, SJ v Košiciach a prednášal východnú spiritualitu na Teologickej fakulte Trnavskej Univerzity.

2008 - arcibiskup Gréckokatolíckej cirkvi, menovaný pápežom Benediktom XVI. 29. januára 2008
2003 - prešovský diecézny biskup menovaný pápežom Jánom Pavlom II.
6. január 2003 - Biskupská vysviacka (Vatikán, pápež Ján Pavol II.)
od 1996 - riaditeľ Centra spirituality Východ - Západ Michala Lacka, SJ v Košiciach a prednáša východnú spiritualitu na Teologickej fakulte Trnavskej Univerzity
1993 - 1994 minister jezuitského exercičného domu v Prešove, potom pracoval jeden rok v slovenskom vysielaní Vatikánskeho rozhlasu
1990 - 1991 správca gréckokatolíckej farnosti v Bratislave
1989 - 1990 prefekt kňazského seminára Cyrilo-metodskej bohosloveckej fakulty v Bratislave
1987 tajne vstúpil do Spoločnosti Ježišovej
1983 - 1987 správca farnosti Lubica
1978 - 1983 kaplán farnosti Prešov
jún 1978 - Kňazská vysviacka