V roku 1953 začal študovať na Pedagogickej škole v Košiciach, ale v druhom ročníku prešiel na Lekársku fakultu Univerzity Pavla Jozefa Šafárika v Košiciach.

Po ukončení štúdia začal pracovať ako lekár v Krompachoch, neskôr ako obvodný lekár v Spišskom Hrušove a v rokoch 1980 – 1984 ako riaditeľ nemocnice s poliklinikou v Spišskej Novej Vsi.
Ako väčšina spisovateľov jeho generácie aj Ján Milčák začal publikovať poviedky v Mladej tvorbe a neskôr aj v ďalších literárnych periodikách.
V sedemdesiatych rokoch sa etabloval ako tvorca rozhlasových hier pre dospelých i mládež a rozprávok pre deti.
Okrem rozhlasovej dramatickej tvorby sa venuje aj písaniu divadelných hier a pokračuje v písaní detských rozprávkových kníh a krátkych próz pre dospelých.
Je otcom Mariána Milčáka (básnika, prekladateľa a literárneho vedca) a Petra Milčáka (básnika, prekladateľa, literárneho vedca a vydavateľa). Žije v Levoči.

tvorba

Próza:
Deväť poviedok (1978)
Rosa canina (1995)
Pavol Rezbár (1979)

Dráma:
Majster (1974)
Chlieb a soľ pre kohúta (1976)
Hudci (bábková hra, 1983)
Právo na život (1992)
Barokové oblaky (2005)
Klietka (2006)
Plátno (2007)

Tvorba pre deti a mládež:
Zo štyroch kapsičiek (riekanky a básničky, 1988)
Rozprávka o Marianke (1990)
Chlapec Lampášik (1996)
Zuzanka a pán Odilo (2004)
Rozprávkový vláčik (2008)
Jakub s veľkými ušami
Scenáristika:
V očiach ohníky (1974)
Nevestine šaty (2000)

Rozhlasová tvorba - rozhlasové hry:
Sprievod anjelov (1971)
Mačka (1973)
Pavol rezbár (1973)
Cela (1974)
Obrov brat (1974)
Strom šťastia (1974)
Minúta ticha (1975)
Hudci (1977)
Vojaci (1978)
Najmladší zo slávnej rodiny (1978)
Koník Izidor (1980)
O dvoch mládencoch (1980)
Kavka (1982)
Bežci (1982)
Rozprávka o strome (1984)
Pipo a Čipo (1985)
Tri želania (1985)
Tri rozprávky o chlapcovi Lampášikovi (1986)
Pátranie (1986)
Celestínka, ryba a pán Baltazár (1988)
Slamienka (1991)
Čln (1992)
Vrana Florenťanka (1993)
Žobráci (1995)
Chlapec Simeon (2000)
Tulák Jonatán (2000)
Barokové oblaky (2003)
Čertík Bubulo (2004)
Zabudnutá skriňa (2008)

Z rozsiahlej rozhlasovej dramatickej tvorby získali viaceré hry Jána Milčáka hlavnú cenu na Festivaloch pôvodnej slovenskej rozhlasovej hry (Mačka, Celestínka, ryba a pán Baltazár, Rodinná fotografia, Vrana Florenťanka) a vysielali ich v mnohých štátoch Európy.

Knižne vyšli:
Pavol rezbár. Mačka. Cela. Vojaci (1979) a v ročenkách rozhlasových hier Divadlo bez kostýmov hry Sprievod anjelov (1971), Mačka (1973), Cela (1975).