Narodil sa vo veľmi chudobnej rodine. V ôsmich rokoch sa stal polosirotou a spolu s matkou sa len ťažko prebíjali životom, pričom často trpeli hladom a núdzou. Nadobudnúť vzdelanie sa mu podarilo vďaka jeho nadaniu.
Vyštudoval evanjelické lýceum v Bratislave, učiteľský ústav v Šoporni, a Evanjelickú teologickú akadémiu v Bratislave a v Prešove. Okrem obetavej pastoračnej a vzdelávacej a výchovnej činnosti po nociach usilovne študoval všetky hlavné svetové náboženské a filozofické systémy. Ovládal latinčinu, hebrejčinu, gréčtinu, nemčinu, maďarčinu a samoštúdiom si osvojil tiež angličtinu, ruštinu, poľštinu, srbčinu, esperanto a sanskrt. Ako hlavný cieľ si v tejto dobe vytyčuje prebádať, preskúmať a zharmonizovať všetky väčšie svetové náboženstvá.
Po dva a pol ročnom pôsobení na východnom Slovensku sa v roku 1901 stal evanjelickým farárom vo Veľkých Levároch, jedinom evanjelickom cirkevnom zbore na Záhorí, ktorý sa zachoval od protireformácie. Od začiatku sa stal medzi farníkmi obľúbeným a uznávaným. Snažil sa medzi nimi prebudiť túžbu po vzdelaní a morálnom zušľachtení. Mimoriadne mu záležalo na výchove detí. Na pozvanie prednášal v rôznych nábožensky orientovaných spoločnostiach a venoval sa tiež písaniu spisov. Na rozdiel od väčšiny ostatných slovenských intelektuálov začiatku 20.storočia si neidealizoval slovenský vidiecky ľud a zanechal vo svojich listoch a poznámkach svoj kritický pohľad na jeho morálny stav (alkoholizmus, primitivizmus, sexuálna neviazanosť, "tupý materializmus").
Po vypuknutí prvej svetovej vojny sa snaží "apelovať" na svedomie národov a politikov, aby zastavili vojnové akcie. Písal listy rôznym politikom a úradom, navštevoval konzuláty bojujúcich strán a rozširoval svoje brožúry o svetovom mieri. Aj vďaka tomu sa stal nepohodlným a cirkevné úrady ho prinútili požiadať o predčasné penzionovanie. 13. júna 1915 bol na základe svojich aktivít voči vojnovým udalostiam označený za duševne chorého. Počas prestávky Wagnerovej opery Valkýra v Národnom divadle v Prahe vystúpil cez prestávku na pódium a predniesol proklamáciu, v ktorej vyzval štáty a ich predstaviteľov na zastavenie všetkých vojenských akcií a nezmyselného vraždenia. Po tom, čo bol odvedený z divadla, bol zatknutý a prevezený do vojenského väzenia, kde ho čakal vojenský súd a trest smrti za vlastizradu. Unikol však tomuto osudu a v polovičke mája 1916 bol poslaný na pražskú psychiatrickú kliniku na Kateřinkách, kde strávi dva roky, pričom nemal ďaleko k duševnému zrúteniu. Po podmienečnom prepustení sa vrátil do Veľkých Levár, no kňazom mu už nedovolili byť. Desať dní po príchode mu zomrela matka; po jej smrti ochorel a mesiac bol pripútaný na lôžko. V medzivojnovom období Maliarik neutícha vo svojich snahách po mierovej obrode a píše množstvo spisov o politike, filozofii a náboženstve. Dokázal si dokonca vytvoriť malý okruh priaznivcov. Bol taktiež veľkým propagátorom česko-poľsko-slovenského zblíženia.
Ako sa začínalo schyľovať k druhej svetovej vojne, zosilnil svoju snahu odvrátiť blížiacu sa katastrofu. Napísal listy britskému ministerskému predsedovi Ramsayovi MacDonaldovi, Mussolinimu, Hitlerovi, Stalinovi, Tisovi, indickému vládcovi Mahendra Pratapovi, Mahátmá Gándhímu a pápežovi Piusovi XII.

Náboženstvo:
Maliarik pri svojich štúdiách náboženstiev došiel k názoru, že je len jedna univerzálna pravda, ku ktorej náboženstvá smerujú, alebo sa od nej odkláňajú. Konfesionálna príslušnosť je sekundárna, zásadný je rozvoj mravnosti a spirituálnej praxe.
Vytvoril synkretický, ale napriek tomu originálny spirituálny systém. Mal ideu zjednoteného ľudstva pod jedným jazykovým, politickým a náboženským princípom. Do popredia kládol všeobecné nenásilie a s tým spojené vegetariánstvo, súcit a oslobodenie od hmotných statkov. Maliarik sám tieto princípy praktizoval, žil v chudobe, okrem kníh nevlastnil nič. Svoje spisy, ktoré vydával, rozdával zadarmo.
Ján Maliarik sa dožil konca druhej svetovej vojny. Zomrel v brnenskej fakultnej nemocnici vo veku 77 rokov. Je pochovaný na veľkolevárskom evanjelickom cintoríne vedľa svojej matky.

Ján Maliarik v kultúre:
televízny film Prekliaty služobník lásky, 2000

tvorba

1909 Od Časného k Večnému podla Šrí Šankaračária
1911 Tri Slová k Vykúpeniu Sveta
1913 Sirota Kráľom
1913 Tristo hriechov ľudských
1917 Tristo hriechov ľudských
1925 Quo vadis Čechoslovakia?
1925 Celo-Zemský Univerzálny Štát
1927 Prečo je medzi Spisovateľmi, Umelcami, Politikmi, Štátnikmi, Žurnalistami atd. … Toľko Nevraživosti?
1927/1928 Hlas Kňaza Jána Maliarika
1929 Cesta k Blahu a Mieru zmierením náboženstiev … a osvietením a polepšením národov …
1929 „Aj! Kráľ Tvoj prichádza k Tebe Tichý! …“
1931 Unia Slovensko-Poľsko-Česká
1933 Slavné z Mrtvých – Vstanie Generála Milana Rasti-Slava Štefánika!!
1933 OM!… TAT!…SAT!… Moja korenšpondencia s indickým kráľom Mahendra Pratap, Rádžom
1933/1944 Sväté Vážne Prevolanie Múdrosti a Lásky k Celému Zemskému Ľudstvu!!