Študoval teológiu vo viedenskom Pázmáneu.

Po vysvätení za kňaza bol farárom v Jarku, Košeci, v trenčianskom kláštore a v Dubnici n.Váhom, od roku 1731 titulámym kanonikom nitrianskej diecézy.

Magin bol vynikajúcim znalcom cirkevného a svetského práva a antickej literatúry a vzdelanosti. Napísal niekoľko významných oslavných básní, no jeho najvýznamnejším literámym dielom je prvá, latinsky písaná, písomná národná obrana Slovákov Murices ...sive Apologia, čiže Ostne alebo Obrana slávnej Trenčianskej stolice a mesta tohože mena (1728, Púchov).

Táto prvá známa obrana historických a súčasných politických práv slovenského národa vyšla z podnetu Trenčianskej stolice ako reakcia na spis Michala Bencsika – Novossima dialeta, ktorú napísal ako profesor histórie na Trnavskej univerzite (1635–1777). M. Bencsik označil
Slovákov – obyvateľov Trenčianskej stolice, a nielen ich, ale všetkých Slovákov – za potomkov Maďarmi podrobeného Svätoplukovho ľudu, a tým spochybnil rovnoprávnosť
Slovákov v Uhorsku.

J. B. Magin v Apologii dokazoval starobylosť a autochtónnosť Slovákov v Uhorsku, vyzdvihoval cyrilometodské dedičstvo, čím boli položené základy národnouvedomovaciemu obrodeneckému zápasu, na čelo ktorého sa stavia slovenská inteligencia, pochádzajúca z chudobných vrstiev nášho národa. Magin zdôrazňoval, že Slováci musia byť zrovnoprávnení s Maďarmi. Prvý poukázal na etnickú celistvosť slovenského národa, vymedzil jeho územie a hranice a zdôraznil svojprávnosť Slovákov. Maginova obrana nášho národa zaujala významné miesto v procese formovania národného povedomia. Magin rozvinul myšlienky o starobylosti, význame mesta Trenčína, o rozšírenosti slovanského jazyka a taktiež o slávnej minulosti a autochtónnosti Slovanov a Slovákov v Uhorsku. Dielo je zároveň najstaršou politickou, národnou a kultúrnou obranou Slovákov v Uhorsku.

Pamätná doska J. B. Magina sa nachádza v kostole sv. Martina v obci Jarok, ležiacej 10 km juhozápadne od Nitry.