V roku 1839 študoval Ján Francisci na evanjelickom lýceu v Bratislave, kde sa stal stúpencom Štúrovych myšlienok a názorov. Na protest proti zákazu Štúrových prednášok odišiel so skupinou študentov študovať do Levoče, kde sa stal zástupcom profesora Michala Hlaváčka (1844 - 1845), ktorý v roku 1832 založil Spoločnosť reči a literatúry česko-slovanskej.

Ján Francisci-Rimavský sa v roku 1844 stal členom Tatrína. V Levoči založil 6. augusta 1844 Jednotu mládeže slovenskej, ktorá združovala slovenských študentov všetkých evanjelických škôl v Uhorsku. Po vyštudovaní práva na kolégiu v Prešove v rokoch 1845 - 1847 pracoval ako úradník. Koncom roka 1847 vypracoval spolu so Štefanom Markom Daxnerom petíciu za zrušenie poddanstva a úradovanie v slovenskej reči v stoličných orgánoch. Už počas študentských rokov sa prejavil ako talentovaný básnik a prozaik. Jeho báseň Svojím vrstovníkom na pamiatku bola prvým samostatným výtlačkom v štúrovskej slovenčine. Neskôr vydal i historickú prózu Janko Podhorský. Bol tiež horlivým zberateľom slovenských ľudových povestí a ako jeden z prvých ich začal vydávať. Známa je aj báseň z jeho tvorby Bratislavským bratom. V revolúcii 1848-49 patril k najaktívnejším. Podieľal sa na príprave slovenských vlastencov v Liptovskom Mikuláši v máji 1848, na ktorom boli prijaté Žiadosti slovenského národa. Spolu so Š. M. Daxnerom a M. Bakulínym organizoval v gemerskej stolici založenie národnej gardy. Za svoju činnosť bol väznený v Plešivci a v Pešti. (pôvodne odsúdený na trest smrti). V januári 1849 ho z budapeštianskeho väzenia oslobodila Windischgrätzova armáda. V marci 1849 prevzal velenie slovenských dobrovoľníkov sformovaných na Myjave po B. Janečkovi. Jeho zásluhou a zásluhou Š. M. Daxnera sa zorganizovala tretia, tzv. letná výprava. V slovenskom dobrovoľníckom vojsku mal hodnosť kapitána. V roku 1850 sa stal expedítorom Zvolenskej stolice a v rokoch 1853 - 1859 pôsobil ako župný komisár v Debrecíne. V rokoch 1860 - 1861 bol radcom miestodržiteľskej rady v Budíne. Významným spôsobom sa zaslúžil o rozvoj a úspechy slovenského národného hnutia v 60. rokoch. 19. marca 1861 začal v Budíne vydávať Pešťbudínske vedomosti. V júni toho istého roku predsedal zhromaždeniu slovenských vlastencov v Martine, ktoré sa zišlo 6. a 7. júna 1861 v Martine a prijalo Memorandum národa slovenského. Stál v čele prípravného výboru Matice slovenskej, zostavil jej stanovy a na jej prvom zhromaždení bol zvolený doživotným čestným podpredsedom. V novembri 1864 sa stal hlavným županom Liptovskej župy. Z tejto funkcie bol 10.9. 1865 odvolaný. Podieľal sa aj na zakladaní slovenských gymnázií a v roku 1868 bol hlavným dozorcom gymnázia v Revúcej. V roku 1869 sa stal predsedom Kníhtlačiarskeho účastinného spolku - prvej národnej kníhtlačiarne s vydavateľstvom (bol ním do roku 1898). Prekladal divadelné hry a spísal svoj životopis, v ktorom venoval najväčšiu pozornosť revolučnému obdobiu 1848 - 1849 a memorandovému hnutiu 60. rokov. Na začiatku 70. rokov sa aktívne zúčastnil polemiky proti tzv. Novej škole, ale postupne politickú aj novinársku činnosť zanechal. Vo verejnom a kultúrnom živote sa však angažoval ďalej. Prispel k rozvoju Martina, kde žil od roku 1872. Pochovaný je na Národnom cintoríne v Martine.