1847 gymnázium, Modra (vďaka dobrým základom z domu bol zapísaný hneď do tretej triedy; absolvoval tu len dve triedy počas troch rokov)
1848/49 strávil "vďaka" revolučným udalostiam doma
1850 - 1855 evanjelické lýceum, Bratislava
1855 - 1858 študoval teológiu (kandidátsku skúšku robil v Brezne u Jána Chalupku)
1860 ako štipendista absolvoval letný semester na evanjelickej teologickej fakulte vo Viedni (študoval aj u Karola Kuzmányho)
1922 čestný doktorát prírodných vied za celoživotnú vedeckú prácu udelený Přírodovědeckou fakultou Karlové univerzity v Prahe

Narodil sa v rodine evanjelického kňaza. Na strednej škole pod vplyvom svojho učiteľa L. Csádera sa začal zaujímať o botaniku. V tomto období uverejnil svoje prvé botanické práce.

V Zemianskom Podhradí sa zaoberal systematickým výskumom flóry na okolí, ale aj viacerými vlastivednými disciplínami. Odborné práce z oblasti botaniky publikoval v ročenkách bratislavského a trenčianskeho prírodovedeckého spolku, v Letopise Matice slovenskej a v inojazyčných časopisoch (Östereichische botanische Zeitschrift a Deutsche botanische Zeitschrift. Popularizačné a vlastivedné články uverejňoval skoro vo všetkých slovenských a vo viacerých českých časopisoch (Český lid, Lidové noviny a i.) a bol stálym spolupracovníkom Slovenských pohľadov od ich založenia (1881). Popularizačné a odborné články a štúdie majú pozoruhodnú štylistickú a literárnu úroveň. Vyznačujú sa vecným, ale plastickým podaním, jazykom bohatým na ľudové zvraty a svojráznym humorom. Zanechal bohatú rukopisnú pozostalosť, ktorej časť je uložená v Literárnom archíve Matice slovenskej.

Jeho bádateľské záujmy, sústredené na Bošácku dolinu, sa začiatkom 80. rokov postupne rozširovali na históriu, národopis, archeológiu a folkloristiku tejto oblasti. Všímal si nielen okolitú prírodu, ale aj charakteristické stránky ľudového života, zbieral ľudové povesti a rozprávky, príslovia a porekadlá, piesne a žarty, zariekacie formuly, povery a čary. Z ľudových rozprávok si všímal najmä tie, ktoré odrážali spôsob ľudového života. Mnohé rozprávky prevzal z jeho rukopisných zbierok J. Polívka do Súpisu slovenských rozprávok.

Pôsobenie:

1858 - 1859 vychovávateľ na majetku bratislavskej rodiny Scherzovcov, Kľúčovo
1860 - 1861 kaplán u farára Ľudovíta Licharda, Skalica
1861 - 1909 farár, konsenior i senior, Zemianske Podhradie
1884 - 1893 trenčiansky senior
1877 - 1909 predseda Prírodovedeckého spolku župy Trenčianskej
1909 odišiel na odpočinok k dcére Božene Emílie Františky
Bol zakladajúcim členom Matice slovenskej a členom viacerých domácich a zahraničných vedeckých spoločností

tvorba

1888 Flora des Trencsiner Comitates (Kvetena župy Trenčianskej - jeho najväčšia botanická práca napísaná v nemeckom jazyku. Prv než vyšla samostatne, bola publikovaná po častiach v ročenkách Prírodovedeckého spolku v Trenčíne)
1892 Niečo o maliníkoch Bošáckej doliny (príspevok publikovaný v Slovenských pohľadoch)
1894 Krátka história ev. a v. zemansko-podhradskej
1896 Povesti a rozprávočky z Bošáckej doliny
1897 Obrázky zo Slovenska
1910 Stručný nástin dejín starobylej cirkve ev. a v. žilinskej

Herbáre:

Zostavil tri herbáre. Prvý s vyše 12 000 exemplármi predal a teraz sa nachádza v Bukurešti. Druhý herbár, ktorý nazbieral najmä v okolí Trenčína, daroval Slovenskej muzeálnej spoločnosti v Martine a je uložený v Prírodovednom múzeu Slovenského národného múzea v Bratislave. Tretí, ktorý obsahoval najmä rastliny z okolia Pezinka, venoval Botanickému ústavu Karlovej univerzity v Prahe.
Významná je aj jeho zbierka machov (približne 3 000 exemplárov), ktorá sa nachádza v rumunskom Kluži.

Ostatné:

Rozpomienky (jeho spomienky na mladosť a štúdia)
Národopisné práce (rozprávky, povesti a rôzne postrehy zo života slovenského ľudu)
Obrazy zo života (rozprávky, povesti a rôzne postrehy zo života slovenského ľudu)
Črty z histórie města Pezinka (krátke dejiny Pezinka)
Zoznam rastlín cievnatých okolia pezinského

Vedecké práce:

Kvetna javoriny nad Lubinou
Domáce lieky ľudu slovenského
Svätojurské rašelinisko Šúr
Flóra trenčianskej, bratislavskej, nitrianskej, oravskej i turčianskej župy
Čarodejné zariekanie a kliadby u ľudu slovenského

Neuverejnené rukopisy:

Soznam húb okolo Zem. Podhradia mňou aj inými dosiaľ v Trenčianskej stolici objavených“ opisuje 638 druhov húb nájdených v rokoch 1876 až 1884.
Materiál o dejinách cirkvi ev.a.v. v Trenčíne (ostal v rukopise v 5 dieloch)

Ocenenie:

Za celoživotné dielo bol vyznamenaný členstvom v Českej akademii věd a umění

Pocty:

Na jeho počesť udeľuje Slovenská botanická spoločnosť pri Slovenskej akadémií vied od roku 1984 vynikajúcim botanikom pamätnú Holubyho medailu.

Pomenovali po ňom viaceré rastliny , napr. Ophrys holosericea subsp. holubiana (hmyzovník čmeľovitý Holubyho).

Bol prvým čestným členom Československej botanickej spoločnosti; bol aj členom mnohých domácich i zahraničných vedeckých spolkov.

V Zemianskom Podhradí, ktoré je neodmysliteľne spojené s jeho menom je zriadená pamätná izba. Je v nej uložené množstvo dokumentov z plodného a dlhého života výnimočného človeka, ktorý vnášal do Bošáckej doliny učenosť, výrečnosť a vzdelanosť, ktoré široko-ďaleko presiahli rámec regiónu.

Ministerstvo dopravy, pôšt a telekomunikácií SR vydalo 15. 2. 1996 príležitostnú poštovú známku "Jozef Ľudovít Holuby" zo série Osobnosti s nominálnou hodnotou 4 Sk. Známka s portrétom botanika je doplnená v pravom hornom rohu motívom ostružiny. Autorom výtvarného návrhu známky je Jozef Baláž, rytcom známky Rudolf Cigánik

Bibliografia:

Schidlay, E., 1953: Botanická činnos� Dr. Jozefa ź. Holubyho. Biológia (Bratislava),8, s. 449 - 484.
Vozárová, M. (ed.), 1986: Význam osobnosti Dr. H. C. Jozefa źudovíta Holubyho v dejinách vedy na Slovensku. Zborník zo seminára pri 150. výročí narodenia. Pezinok 27. - 29. 5. 1986. Vydalo Krajské osvetové stredisko v spolupráci s Malokarpatským múzeom v Pezinku, Bratislava 1986, 262 s.
(V zborníku je súpis pozostalosti v Malokarpatskom múzeu v Pezinku, Bibliografia prác o Holubym, taxonomické zhodnotenie rastlín opísaných Holubym.)
Žarnovický, P.: Literárna činnosť dr. Jozefa Ľudovíta Holubyho. Pezinok 1936.
Jurkovič, M.: Dr. Jozef Ľudovít Holuby. Bratislava 1943.
Mjartan, J.: J. Ľ. Holuby ako bojovník proti ľudovým poverám. Otázky marxistickej filozofie 18, 1963, s. 35-42.
Mjartan, J. : Jozef Ľudovít Holuby. Martin 1963.
Mjartan, J. : Jozef Ľudovít Holuby. Národopisné práce. Bratislava 1958.
Leňo, A.: Z korešpondencie a vzťahov Aloisa Jiráska a Jozefa Ľudovíta Holubyho. LA, 1970, s. 239-75.
Maruniaková, A.: Pozostalosť Jozefa Ľudovíta Holubyho a Márie Holuby. Martin 1972.