1968 - 1971 Stredná všeobecnovzdelávacia škola, Myjava
1971 - 1972 Vysoká škola chemicko-technologická, Bratislava
1972 - 1977 Farmaceutická fakulta, Univerzita Komenského, Bratislava

Ján Valjan sa narodil v Brezovej pod Bradlom, kde navštevoval základnú školu. Strednú všeobecnovzdelávaciu školu absolvoval a úspešne ukončil v Myjave v roku 1971. V tom istom roku nastúpil v Bratislave na Vysokú školu chemicko-technologickú, odiaľ však po troch semestroch prestúpil na Farmaceutickú fakultu UK. Štúdium na fakulte ukončil v roku 1977.
Do zamestnania nastúpil PharmDr Ján Valjan v lete v roku 1977 do lekárne v Levoči k PhMr. Jozefovi Dudinskému.
Vojenskú službu absolvoval vo vojenských útvaroch v Topoľčanoch, v Prešove a nakoniec vo Vojenskej nemocnici v Bratislave (1977 - 1978). Po návrate znova nastúpil do lekárne v Levoči. Neskôr bol preložený do Spišskej Novej Vsi, kde bol vtedy vedúcim lekárnikom PhMr. Anton Ruttkay. V roku 1980 začal Ján Valjan pracovať v okresnej lekárni s RNDr. PhMr. Zoltánom Černíkom.
Prvú atestáciu z lekárenstva vykonal súčasný prezident Slovenskej lekárnickej komory v roku 1981 a o dva roky neskôr získal doktorát z klinickej farmácie. Druhú atestáciu získal roku 1986 a zároveň prebral levočskú lekáreň, kde pracoval do roku 1989. V decembri 1989 bpl menovaný do funkcie riaditeľa Lekárenskej služby, v ktorej zotrval do roku 1992.
V rokoch 1992 - 1993 bol vedúcim lekárnikom v lekárni v Hrabušiciach.
4. októbra 1993 získal Pharm.Dr. Ján Valjan povolenie na zriadenie Neštátneho zdravotníckeho zariadenia pre poskytovanie lekárenskej starostlivosti a následne otvoril v Spišskej Novej Vsi lekáreň, v ktorej pracuje ako jej majiteľ do dnes.

Ján Valjan je dlhoročným funkcionárom Slovenskej lekárnickej komory, kde zastával rôzne funkcie, jej predsedom je od roku 2006.
Je členom vedeckej rady SZU.