Ján Budaj bol jedným zo zakladateľov Verejnosti proti násiliu v roku 1989. V rokoch neslobody bol odporcom totalitného režimu a pôsobil v prostredí politickej opozície. Bol autorom a vydavateľom politických, kultúrnych a ochranárskych samizdatov. Spolupracoval s Chartou 77 a poľskou Solidaritou. Organizoval tzv. zakázané univerzity, nezávislé kultúrne a ekologické aktivity. V roku 1980 založil prvý občiansky orientovaný samizdat na Slovensku, periodikum KONTAKT. Spolupracoval s tajnou cirkvou a občianskymi iniciatívami ako napr. VONS (Výbor pre obranu nespravodlivo stíhaných), alebo KOR (poľský Komitét obrony robotnika).
Prenasledovaný režimom bol v rokoch 1971 - 1989. Väčšinu tohoto obdobia mal zakázané cestovať, bol často vypočúvaný a viac krát väznený. Po vylúčení z vysokej školy (mat.-fyz.) pracoval ako kurič (1976 - 1989).
V 70. rokoch sa Ján Budaj venoval organizovaniu nezávislej kultúry a voľnej tvorbe, založil umeleckú skupinu DG a skupinu "Dočasná spoločnosť". Pred tým, než ho začala prenasledovať ŠtB, pracoval ako fotograf a asistent kamery (v STV) .
V umeleckej tvorbe sa Ján Budaj orietoval na vizuálne a akčné umenie. V dobe neslobody vystavoval ilegálne alebo v zahraničí.
Od roku 1980 bol Ján Budaj aktivistom a organizátorom nového, ekologického prúdu občianskej opozície.
Jeho prvým prejavom bol zápas o uchovanie historických cintorínov (1980 - 1981), po ktorom nasledovali desiatky ďalších protestov a ochranárskych iniciatív, neustávajúcich až do novembra 1989.
Aktivity ochranárov, ktoré koordinoval Ján Budaj, vyvrcholili vydaním dokumentu Bratislava/nahlas v septembri 1987 . Kritizoval stav kvality života v hlavnom meste, ale aj neschopnosť a skostnatenosť režimu. Dokument B/n a jeho autori zohrávali na Slovensku pred novembrom ´89 aj počas jeho priebehu podobnú úlohu, ako v Čechách Charta 77.
Ján Budaj bol od vydania B/n vyšetrovaný nielen ŠtB, ale aj mestskou prokuratúrou. Proti Jánovi Budajovi osobne a proti iniciatíve B/n viedla KSS aj verejnú ohováračskú kampaň. Na podporu iniciatívy B/n prebehla podpisovka a vznikla vlna "nahlasov" aj v iných mestách vtedajšej ČSSR (napr. v Brne).
V novembri roku 1989 bol Ján Budaj najprv koordinátorom, neskôr (od januára 1990) predsedom hnutia Verejnosť proti násiliu. Hnutie VPN v tomto období vyslovilo ako prvé v ČSSR zásadné požiadavky, (napr. zrušenie komunistického monopolu moci) a dosiahlo splnenie svojho programu obnovy občianskych práv a slobôd. Stalo sa tak vďaka masovej podore občanov, ktorých VPN získalo pre program obnovy demokracie a európskej orientácie Slovenska.
V období zásadných politických zmien (od novembra 1989 do prvých slobodných volieb) Ján Budaj viedol VPN, bol poslancom a prvým podpredsedom SNR. V SNR inicioval založenie Výboru SNR pre životné prostredie, ktorý viedol. Ako predseda hnutia VPN presadzoval, aby plnilo svoj volebný program, vrátane jeho národného piliera. V tejto otázke sa dostal do sporu s časťou vedenia VPN, ktorá ho po lustráciách vo vedení VPN nahradila.
Ján Budaj viedol VPN do volieb 1990 (ako čelný kandidát a predseda Rady VPN), v ktorých toto hnutie zvíťazilo. V priebehu posledného dňa volieb však Ján Budaj odstúpil z kandidátky, pretože z Federálneho ministerstva vnútra prišla v tomto období informácia, že jeho meno je v evidenčných knihách spolupracovníkov ŠtB.
ŠtB zaevidovala Jána Budaja ako sledovanú osobu už v roku 1971, a opäť ako sledovanú osobu v roku 1979. V roku 1981 bol zaradený do kategórie NO (nepriateľská osoba), opätovne bol ŠtB evidovaný v kategórii NO počas leta 1989.
V tomto celkovo 18. ročnom období ho ŠtB na dobu 2 rokov (1979 - 1981) preevidovala z kategórie sledovanej osoby do kategórie "tajný spolupracovník". Dokumenty (zväzok) týkajúci sa tejto evidencie ŠtB zrejme zničila (podobne ako záznamy z výsluchov J.Budaja, z odpočúvania bytu a pod.), pretože sa nenachádzajú v archíve ÚPN.
Až v roku 2007 sa v archívoch ÚPN našla oficiálna "Správa ŠtB o činnosti za rok 1980", kde sa konštatuje, že tajný spolupracovník, vedený pod menom J. Budaja, s ŠtB nespolupracoval ale konal proti režimu.
V rokoch 1991 - 1993 bol Ján Budaj nezávislým publicistom a vydavateľom. Vydával periodiká, ktoré kritizovali nástup Mečiarovej vlády po roku 1992 (napr. denník Meridian). Produkoval tiež televízne programy (napr. s J. Filipom "Halušky"). Počas rozpadu VPN nevstúpil ani do jednej z nástupníckych strán.
Počas štátoprávnej krízy ČSFR bol kritikom chýb slovenských vyjednávačov a neochoty českej strany priznať Slovensku požadované kompetencie a právo na ústavu republiky. V roku 1991 sa stal spoluzakladateľom a hovorcom "Iniciatívy za zvrchované Slovensko" (spolu s M. Kňažkom, R. Kaliským, M. Kováčom a ďalšími).
Potom, čo sa po vytvorení samostatného štátu (1993) začal zápas o podobu jeho režimu, založil Ján Budaj spolu s Milanom Kňažkom prvú liberálnodemokraticky orientovanú stranu na Slovensku (marec 1993). V roku 1994 sa DÚ stala parlamentnou stranou. Ján Budaj v nej pôsobil ako podpredseda pre program, resp. pre oblasť komunikácie s verejnosťou. Bol autorom politického programu DÚ s názvom "Občan na prvom mieste", z ktorého vzišiel v roku 1998 aj volebný program SDK s názvom "Šanca na zmenu".
V období 1994 - 1998 bol Ján Budaj členom petičných výborov za priamu voľbu prezidenta a za vstup SR do NATO, rovnako i členom pracovného výboru pre prípravu demokratickej koalície, SDK. Organizoval mítingy za ochranu médií, za ochranu kultúry a mítingy proti zrušeniu referenda o priamej voľbe prezidenta a NATO. Bol členom rozhodujúcich orgánov SDK a členom vedenia SDK.
V roku 1998 uspela SDK vo voľbách a zostavila vládu. Ján Budaj bol po svojom zvolení do NR SR, kde vznikol nový výbor pre kultúru a médiá, ktorý v rokoch 1998 - 2002 Ján Budaj riadil.
V septembri 2000 Ján Budaj obnovil liberálnodemokratickú stranu. V komunálnych voľbách 2006 bol Ján Budaj zvolený za poslanca Mestského zastupiteľstva Bratislavy.
Ako poslanec sa dosiaľ venuje, okrem priebežných tém najmä: obnove komunistami zbúraného bratislavského Podhradia, ochrane historicky cenného kina Mladosť, obnove D.P.O.H. a energetickej koncepcii Bratislavy. Spolupracuje pri tom s občianskymi iniciatívami a nasledovníkmi niekdajších ochranárov.
Ako poslanec MZ pôsobí aj ako člen komisie MZ pre životné prostredie, komisie mandátovej a legislatívno právnej komisie. Je predsedom mimoparlamentnej strany, Demokratickej únie Slovenska (DÚ).